蝙蝠侠（迈克尔•基顿 Michael Keaton 饰）归来了！自从打败“小丑”后，高谭市获得片刻的宁静。然而，又一个强大的对手出现了！这次是脾气乖张暴戾的“企鹅”。　　“企鹅”因为是次子，所以自幼就被父母遗弃，落下残疾，导致“企鹅”对整个社会都心生不忿。长大后“企鹅”的企鹅决心杀回高谭市，将市内的长子都杀光，并控制整个高谭市。在迫使邪恶商人马克斯（克里斯托弗•沃肯 Christopher Walken 饰）帮忙后，“企鹅”顺利当上了高谭市长。同时，马克斯的秘书西莉娅（米歇尔•菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）意外获知了他们的秘密，在遭受他们迫害时意外获得了超强能力，成为了亦正亦邪的猫女。　　蝙蝠侠这次将面临“企鹅”和猫女的双重挑战！

　　故事发生在位于旧金山的普西迪基地，这是一座拥有着212年漫长历史的军事基地。一名女警的尸体在这里被人发现，旧金山警探杰伊（马克·哈蒙 Mark Harmon 饰）负责调查此案，让杰伊非常不爽的是，他的搭档是名叫阿兰（肖恩·康纳利 Sean Connery 饰）的男人，阿兰曾经是杰伊服役期间的长官，两人的性格针锋相对，一直互相不对付。更糟的是，杰伊爱上了阿兰的女儿唐娜（梅格·瑞恩 Meg Ryan 饰），这令两人之间的关系雪上加霜。　　随着调查的深入，杰伊发现案情并不是他想象的那么简单，想要逮捕幕后的凶手，他和阿兰必须尽释前嫌携手合作，而他们所要面对的凶手也异常的强大和危险。