自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……　　本片为同名美剧的第二部剧场版。

　　少年安德鲁（戴恩·德哈恩 Dane DeHaan 饰）就像绝大多数宅男那样，内向、不善言辞，还有轻度的社交恐惧。来自父亲的打骂以及母亲的病重，更让他对周遭的一切充满戒心，成了躲在镜头后面的拍摄狂人，整日陶醉在自己的小世界里。　　为了替安德鲁的未来打开局面，表哥麦特 （亚历 克斯·罗素 Alex Russell 饰）邀请他出席校园派对。聚会过程中，在表哥好友史蒂夫（迈克尔·B·乔丹 Michael B. Jordan 饰）的建议下，三人进行了一次惊险的野外探洞之旅，并意外获得了自由操纵物体的超能力。这成了他们生活的分水岭——强烈的好奇心与表现欲催促三人不停对自身能力的上限发起挑战，而安德鲁无穷的创意使得他成为了伙伴当中的佼佼者，聚会的明星。可惜好景不长，日渐增强的能力并没有带来幸福，不加节制的安德鲁越玩越过火，终致走向了一条不可挽回的毁灭之路……

　　科学家赵谦教授倾注了毕生心血终于成功研制出了高效原子电池，可是，正当他准备把成果奉献给祖国之时，却遭人暗杀，电池落入了他的准女婿陈天虹（乔榛 饰）的手中。陈天虹一路保护着电池，却遭到了特务沙布罗夫（庞万灵 饰）的袭击，就在生死存亡的紧要关头，一道神秘的激光救了陈天虹一命。　　陈天虹来到了一座小岛之上，在这里居住着科学家马太博士（乔奇 饰），那道救了陈天虹一命的激光，就来自于马太博士所研制出的激光器。意图利用发明实行不轨的维纳斯公司来到了小岛，企图夺取资料并将小岛炸毁，陈天虹和马太博士联手，和敌人展开了激烈的对抗。

　　蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！　　期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。　　果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动。　　又一场腥风血雨的战斗展开了！

　　2004年，专事搜寻矿藏的PS-12号卫星在南极洲14区探测到不明热源，并发现这里有未知文明的遗迹存在。为了抢在他人之前探明真相，PS-12所属公司老板查尔斯·比绍普·韦兰德（兰斯·亨里特森 Lance Henriksen 饰）随即召集格瑞米·米勒（埃文·布莱姆纳 Ewen Bremner 饰）、艾莉莎·伍兹（桑娜·莱瑟 Sanaa Lathan 饰）等一众科学精英组成探险队，朝着人类从未践足的布维岛挺进。　　探险队下到地下2000公尺的地洞内，杂糅了各种文明的遗迹令他们目瞪口呆。更令探险队想不到的是，在他们之外来自外星的铁血战士也盯上了这里。他们将和埋藏于此的异形进行宿命的决斗，弱小的人类探险队被迫卷入其中……

　　继索纳岛恐龙逃往事件过去已有八年，艾伦•格兰特博士（山姆•尼尔 Sam Neill 饰）无论如何也不愿再返回那个鬼地方。虽然发下重誓，但现状不得不让他收回誓言。他的一项史前动物研究陷入资金紧张的窘境。而这时，富有的商人保罗•科比（William H. Macy 饰）及其夫人阿曼达（Téa Leoni 饰）找到艾伦，邀请他作为向导带他们乘飞机前往索纳岛观光。一方面酬劳颇丰，一方面又得知不用着陆小岛，好了伤疤忘了疼的艾伦接受了他们的邀请。　　然而事情却朝相反的方向发展，他们的飞机最终迫降小岛。至此他才得知，原来科比夫妇来此的目的竟是为了寻找失踪的儿子。与此同时他还发现，经过八年的自然进化，恐龙中最聪明的速龙竟然拥有了自己赖以交流的语言。这一次他的对手不仅凶恶，而且更为狡猾……

　　派系制度瓦解了，老四（提奥·詹姆斯 Theo James 饰）的母亲伊芙琳（娜奥米·沃茨 Naomi Watts 饰）成为了墙内世界的统治者，她利用强悍而又严格的武装力量控制墙内居民，不允许他们越雷池一步。可偏偏翠丝（谢琳·伍德蕾 Shailene Woodley 饰）和老四不信这个邪，他们坚信，未来和希望是属于墙外世界的。　　于是，两人带领着克里斯蒂娜（佐伊·克拉维兹 Zoe Kravitz 饰）、皮特（迈尔斯·特勒 Miles Teller 饰）和托里（李美琪 Maggie Q 饰）等人突出重围，终于来到了高墙的那一边。在那一边，基因局收留了翠丝一行人，表面看来基因局扮演的俨然是正义的一方，但实际上，其负责人大卫（杰夫·丹尼尔斯 Jeff Daniels 饰）怀揣着极大的野心，隐藏了一个惊人的秘密。

　　一名轻度自闭的航天工程师罗伊，他的父亲在20年前离开地球前往海王星，寻找外星智慧生物。不料任务失败，有去无回。而罗伊此次也要飞越太阳系，找到父亲，并查清当年失败的原因。

　　在公元2025年，一场关乎人类未来的冲突即将展开。Mr.M以造福人类的名义发布了芯片计划，但发布会却遭到了逃出组织的杀手Enoch的破坏。为了执行任务，Mr.M被迫调动囚禁于死亡谷的萧宇，一名不服组织控制且身受重伤的杀手。　　萧宇（吴治廷 饰）为了保护自己的家人，被Mr.M控制的X公司利用，他们以萧宇的妻子和女儿作为要挟，要求他找回三块源代码芯片。这位被组织控制的国际顶尖杀手内心充满了矛盾和挣扎，他虽然怀有正义之心，但不得不踏上了消灭正义的杀手之路。在这场看似关乎科技和权力的战争中，人类的命运岌岌可危。面对着道德与家人之间的选择，萧宇不得不面对自己的内心挣扎，同时也引发了人类未来发展方向的重大思考。这场冲突将决定人类走向何方，正义与利益之间的平衡又将如何被重新确立。

　　或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。