蓝泽耕作（山下智久 饰）离开了翔阳大学附属北部医院的急救中心，成为了一名神经外科医生。白石惠（新垣结衣 饰）依然在人手不足的急救中心担当着领导者的角色。曾经也梦想成为飞行急救医生的绯山美帆子（户田惠梨香 饰）离开翔阳医院，成为了妇产科医生。冴岛遥（比嘉爱未 饰）依然从事着飞行急救护士的工作。藤川一男（浅利阳介 饰）与白石一起留在急救中心，成为了一名整形外科的急救医生。

　　落英缤纷的季节，律师樱木建二（阿部宽饰）走在去龙山高中的路上。他巧遇了与流氓打架的矢岛勇介（山下智久饰），还有撕掉不及格考卷的水野直美（长泽雅美饰）。这两人都是龙山高中三年级的学生，实际上，龙山高中因为经营不善、升学率低下已经变成被人嘲笑、遗忘的破烂高中，而樱木建二这次到访，也是来处理该校申请破产的事宜。不过，樱木建二并不甘于草草了事，曾经是暴走族的他，想要做出轰动全日本的大事。一个热血的想法在他脑中萌发：带领龙山高中的笨蛋学生们考取日本第一的大学——东京大学。于是，樱木建二与英语教师井野真真子（长谷川京子饰）一起开始了这个不可能完成的教学任务。

　　大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大　　为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。　　托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。　　历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了墨丘利兽，墨丘利兽指责人类没有遵守约定，严重干扰了数码世界的秩序，对数码兽实施残酷的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界　　，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。　　在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，跟墨丘利兽告别。然而等待他们的，却是墨丘利兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。最后，大门大为DATS中唯一一位留在数码世界者

　　KERORO军曹寄住在日向家，竟因沉迷高达模型而惨变家务工人，更意外释放了一个来自“K隆星”远古时代的神秘武器KIRURU，令到全球大乱，面临毁灭危机！这时候，唯一知道如何拯救地球的谜样外星人突然现身，联同KERORO部队调转枪头、发动一场笑震宇宙的太空战争！